Der Hamburger Bankier Theodor Behrens und seine Frau Esther ließen das Gutshaus von 1899 bis 1905 erbauen und nutzten es als Sommerhaus und Landsitz. Das Gebäude war damals das Zentrum des landwirtschaftlichen Gutes Datum, um das herum sich die Gemeinde Datum/Waldenau (heute ein Ortsteil von Pinneberg) im Laufe des vergangenen Jahrhunderts entwickelt hat. In der 1911 angebauten Gemäldegalerie versammelte der Hausherr seine Kunstschätze, u. a. van Gogh, Cézanne, Renoir, Manet – einige der bekanntesten Gemälde der Welt.
Bereits in den Zwanzigerjahren wurde das Gut verkauft. Ab Anfang der Dreißigerjahre beherrbergte das Haus ein privates Kinderheim, von 1934 bis 1945 wurde es von verschiedenen Jugendorganisationen der NSDAP genutzt, ab 1944 als Lehrerinnen-Bildungsanstalt und später als Lazarett.
Ab 1947 nutzte die Stadt Hamburg das Gutshaus Waldenau für mehr als 50 Jahre als Kinder- und Jugendheim. In dieser Einrichtung wohnten zeitweise bis zu 190 Kinder mit ihren ErzieherInnen. Die Räume wurden zwar mit kontinuierlichen Um- und Ausbauten an die Anforderungen des Heimbetriebs angepasst, die historische Substanz des Hauses mit seinen aufwändigen Vertäfelungen, seinem hölzernen Treppenhaus, den Parkettböden, dem Jugendstilstuck und nicht zuletzt auch mit seinem herrlichen Außengelände blieb aber erstaunlich gut erhalten. Erst 1999 wurde das Heim geschlossen.
Nach langen Verhandlungen konnte die Schülerschule 2001 Gebäude und Gelände kaufen. Dank der Unterstützung zahlreicher Sponsoren und des Landes Schleswig-Holstein konnte der Umbau der Schülerschule, in enger Zusammenarbeit von Architekten, LehrerInnen, Eltern, Bildungsministerium und Denkmalschutzbehörde beginnen.
Das eigentliche Gutshaus wurde, soweit es die Finanzmittel erlaubten, saniert. Eine Fahrstuhlanlage wurde eingebaut, das Obergeschoss mit einer neuen Treppe erschlossen, Verwaltungsräume und Lehrerzimmer modernisiert. Später wurden eine Versorgungsküche und eine Mensa für den Ganztagsbetrieb eingerichtet. Ein kleiner Teil des historischen Gebäudes wurde abgerissen und mit einem modernen Mitteltrakt mit Naturwissenschafts- und Kunstraum überbaut.
Die einzelnen Klassenräume wurden so gestaltet, dass heute alle unter optimalen Bedingungen arbeiten können: Große helle Räume in warmen Farben (nach der Farbkonzeption der Pinneberger Künstlerin Gisela Meyer-Hahn) bieten mit ihren Nischen, Gruppenräumen und Rückzugsmöglichkeiten viel Platz für individuelles Lernen und Lehren auch in kleinen Gruppen. Die Pavillons aus den 70er-Jahren wurden 2010 saniert und gedämmt. Weitere Umbauten und Sanierungen sowie die Umgestaltung des Außengeländes sind in Planung oder bereits in Arbeit.
